Az első zsidó családok 1700 körül telepedtek le a város külső utcáiban. 1760-tól működött sakter, 1769-ben pedig már állt egy zsidó imaház a későbbi zsinagóga helyén. Hitközséggé 1766-ban alakultak. Első rabbija Rabbi Alexander 22 éven át vezette a hitközséget. Utolsó rabbija pedig közel ötven éven át a tudós rabbi, majd főrabbi dr. Büchler Sándor volt.
A hitközség sorsa nagyobbrészt a többi izraelita hitközségével azonos. A zsidóság a városban csak a hatóság vagy a földesúr által kijelölt mellékutcákban telepedhetett le. Festetics György 1810-ben engedte meg, hogy a főbb utcákba is beköltözzenek.
Az egykori Pethő-ház udvarában levő imaház és a rabbilakás helyiségeit a hitközség 1812-ben vette meg a Festetics-uradalomtól. Ebben az évben készült el az első zsinagóga. A jelenlegit 1852-ben építették és 1894-ben alakították át mai eklektikus formájára. A rabbilakást 1895-ben bővítették ki és alakították át. A hitközségnek volt saját iskolája, kórháza és temetője is.
Az 1944-ben felállított két gettó egyike a Pethő-házban volt. Innen Zalaegerszegre, majd Auschwitzba szállították a zsidó lakosságot. A holokausztot 69-en élték túl, akik újjászervezték a helyi hitéletet. A zsinagógán kisebb felújítás 1967-ben, nagyobb renoválás a ’90-es években zajlott. Az egykori berendezés javarészt elpusztult. Az egyház mai berendezéséhez tartozik a falakon körbefutó, a túlélőket megörökítő 102 emléktábla.
2003-ban a zsinagóga mögött egy Bibliai kertet alakítottak ki, mely a Tórában említett növények közül több mint 60-at jelenít meg.
A keszthelyi az egyetlen hitközség a Balaton körül, mely 1945 óta újra működik és ahol egész évben lehet imádkozni.
