A Zsinagóga 1856-ban épült romantikus stílusban, 1859-től használta a helyi közösség. Az építéshez szükséges összeget a város egyik leggazdagabb polgára, a terménykereskedő Schey Fülöp biztosította.
Az épület különleges, egyedi kiképzése eltér a zsinagógák többségétől. Az épületegyüttes zártsorú telken áll, a bejárattól rövid úton lehet eljutni a telek végében, a bejárattal szemben található a kifejezetten kicsi, kör alaprajzú, kéttornyos imaházhoz. A sátortetős kupolában keverednek a klasszicista és az orientalista stíluselemek. A bejárat mellett két egyforma, földszintes kapuépítmény található.
A kőszegi zsinagóga építése csak tágabb kontextusban értelmezhető, a helyi események számbavétele mellett számolnunk kell az országban zajló változásokkal is. A zsidóság létszáma, érdekérvényesítő képessége a 19. század folyamán nőtt, a reformkor végén jelentős asszimilációs folyamat zajlott. Az évszázadok óta jogfosztott csoport számára lehetségessé vált a városokban való letelepedés és a vagyonszerzés.
A zsinagóga építtetője, Schey Fülöp 1798. december 20-án született, feltehetően Kőszegen, ortodox zsidó családba. Apját követve kereskedőnek állt, nagyon fiatalon önálló tevékenységbe kezdett. Magas pozícióban lévő magyar és osztrák személyekkel ápolt üzleti kapcsolatokat, az 1840-es évekre gazdasági tevékenysége kiteljesedett. Részt vett a kőszegi posztógyár vezetésében, de sokkal jelentősebbnek mondható a Kőszegi Takarékpénztárban való részesedése. Vagyonát a császári hadseregnek végzett hadiszállításokkal alapozta meg, emellett több vasúti vállalkozásban is részt vett. A 19. századi Kőszeg „legnagyobb jótevője volt, ki alapítványaival, írta be nevét a város történetébe”. Minden lehetséges elismerést elnyert, amit polgár Kőszegen elnyerhetett. Ferenc József császár 1859. május 13-án osztrák nemességet adományozott Scheynek, aki ekkor nyerte a „korompai” előnevet. 1864-ben osztrák lovagi címet kapott. Szintén ő volt az első olyan magyar származású zsidó, aki 1869-ben bárói rangra emelkedett. Idősebb korában áttelepült Bécsbe, de minden évben ellátogatott Kőszegre. Schey Fülöp a magyarországi gazdasági modernizáció előmozdítója, mecénásként a társadalmi reform élharcosa volt.
A zsinagógában szolgálatot teljesítő utolsó rabbi Linksz Izsák volt. Ortodoxként minden zsidó szokást szigorúan megtartott, de a családi krónikát összeállító fia feljegyezte róla, hogy Kölcsey Parainesisét kívülről tudta, magyarul prédikált, méghozzá tökéletes kiejtéssel.
Ugyan az antiszemitizmus erősödött a két világháború között, de az 1930-as évek végéig, a zsidótörvények elfogadásáig a helyzet nem volt drámai. A zsidóságot, más városokhoz hasonlóan, Kőszegen is gettóba kényszerítették. 1944. június 18-án a kőszegi gettót Szombathelyre szállították. A szombathelyi gettóból Auschwitzba deportálták a foglyokat, többségük azonnal a gázkamrába került, a 117 kőszegi zsidóból 16-an élték túl a holokausztot. Linksz Izsák rabbi és a felesége nem voltak a túlélők között. A rabbinak a legnehezebb időben kellett helyt állnia a hitközség élén.
A Felsőbbfokú Tanulmányok Intézete-IASK komplex vidék- és városfejlesztő programjának (KRAFT) köszönhetően 2020 szeptemberében elkezdődött a II. világháború óta elhagyatottan álló zsinagóga és rabbiházak felújítása.
A felújítás két ütemben valósul meg. Az I. ütemben a Zsinagóga épületének felújítására és a külső közműellátás kiépítésére kerül sor, a II. ütemben pedig a rabbiházak és udvar felújítása történik.
A templom helyreállítási munkálatai 2021 második felében fejeződnek be, míg a kapcsolódó rabbiházak 2022 év elejére készülnek el.
